Белокрыльник болотный — многолетник. Имеет толстые, членистые, ползучие, полые корневища, достигающие в диаметре 2 см и вырастающие в длину более чем на метр. На корневищах — многочисленные придаточные мочковатые корешки, длиной до 60 см, помогающие растению держаться за грунт.Цветки у белокрыльника болотного мелкие, многочисленные, обоеполые, собраны в соцветия–початки длиной до 6 см. Нижние цветки обычно преимущественно женского типа – с большим количеством пестиков и меньшим — тычинок. Верхние цветки мужские. Кроющий лист-покрывало сверху — белый, снизу — зеленоватый.